Слава Антония, жившего в пещере, росла очень быстро. Он был искусным проповедником и врачевателем, к нему всегда приходило много посетителей. Некоторые из них селились рядом с Антонием, в результате чего и возникла первая монашеская христианская община.Хоть первые монахи и строили нехитрые жилища, но постепенно они сумели выстроить здание монастыря. Сам же Антоний продолжал жить в пещере на горе Аль-Кользом. Расположена эта пещера в километре от монастыря. Чтобы попасть туда, придется преодолеть 1150 ступенек.

После смерти Антония в 356 г. пещера была превращена в часовню. Прожил основатель христианского монашества 105 лет.В VII веке предположительно на месте захоронения Антония построили монастырскую церковь. За века ее истории тут собрали бесценную библиотеку старинных книг и рукописей, число которых в настоящее время составляет больше, чем 1700 экземпляров. Архитектура монастыря интересна и отличается тем, что его первый этаж наглухо замурован, в монастырь люди заходили через окна второго этажа. Монахи поднимались наверх с помощью лебёдок. Таким образом доставляли и вещи, и продукты. Монастырь Святого Антония был образцом для монастырей того времени, по его подобию было построено много древних обителей. В случаях угрозы такого рода монастырь был крепостью.На первом этаже Монастыря святого Антония были обустроены кельи и склады, колодцы или же каменные цистерны с водой. Даже в случае осады монастырь мог долго выдерживать ее.

На втором этаже были часовни. В некоторых зданиях монастыря был возведен и третий этаж.Монастырь святого Антония славится своими уникальными настенными росписями, которые широко известны как среди монахов, так и среди искусствоведов. Некоторые из них - это работы коптского мастера Фёдора и его учеников, более поздние росписи – это работы мастеров, испытавших влияние византийского искусства.Монахи, чтобы выжить в пустыне, много и старательно трудились. Ещё во времена Антония монастырь был окружен садами, для которых землю корзинами привозили на верблюдах из долины реки Нил.Сегодня монастырь святого Антония принадлежит коптской церкви, представители которой – копты - это потомки коренных египтян, которые и создавали древнеегипетскую цивилизацию.

Между 1000 и 1017 годами Халифом Аль-Хакимом было разрушено примерно три тысячи церквей Египта, но он не тронул монастырь. В конце XI века монастырь разрушили турки и курды, но уже по прошествии ста лет его восстановили копты. Разорение монастыря, постигшее его в конце XV века, представляют две версии, противоречащие друг другу. По одной из версий, монахи прибегали к помощи бедуинов (арабов-кочевников), работавших в монастыре садовниками и рабочими. В 1454 году (другие данные называют 1484 или 1493 год) бедуинами ночью были убиты монахи, а бедуины стали владельцами монастыря. В монастыре святого Антония была устроена кухня, в которой для растопки печей использовались рукописи из библиотеки. По другой истории, рассказанной в 1850 году игуменом монастыря Даудом (Давидом), монастырь, разоренный 350 лет назад, оставался в течение семидесяти лет в запустении. Но 91-й патриарх Гавриил принудительно послили в нем нитрийских монахов, в результате чего, по этой версии, монастырь постоянно был обитаем.

Сохранившиеся памятки XIII-XIV веков вмещают первые упоминания об европейцах, посетивших монастырь. В1630 году католическим миссионерам было разрешено проповедовать в коптских храмах, и, как они говорят, копты, в том числе священники и монахи, переходили в католичество. Но планы присоединить коптскую церковь к римо-католической потерпели крах.До 1901 года по традиции на территорию монастыря не допускали женщин, и только в этот год, впервые за историю в полторы с лишним тысячу лет, это правило нарушили. В 1930 и 1931 годах в монастыре святого Антония работали две экспедиции американского Византийского института, изучавшие археологию и историю монастыря. В 1953 году к монастырю провели дорогу, которая сделала путь к обители преподобного Антония более удобным и относительно быстрым. Сейчас к монастырю из Каира можно добраться на автомобиле в течение нескольких часов, раньше же для этого требовалась неделя.подробнee